Bár mind az omega-3 olajok, mind pedig a halolajok alapvető fontosságúak az egészség szempontjából, hatásuk gyakran különböző.

Az omega-3 család bázismolekulája az alfa-linolénsav (LNA). A lánca tizennyolc szénatom hosszúságú és nagyon telítetlen, mivel három kettős kötése van. Az LNA röviden „18:3n3", ami azt jelenti, hogy „tizennyolc szénatom, három kettős kötés, omega-3 család".

Amikor LNA tartalmú zsírokat emésztünk, enzimjeink az LNA egy részét hosszabb, még többszörösen telítetlen omega-3 zsírsavakká alakítják. A kutatók ezek közül az eicosapentén savra (EPA) és a docosahexén savra (DHA) fordítják a legnagyobb figyelmet. Az EPA húsz szénatom hosszúságú, és öt kettős kötés van benne.

A DHA a legtelítetlenebb omega-3, huszonkettő szénatom hosszúságú és hat kettős kötés található benne. Legalább tíz LNA-ra van szüksége a szervezetünknek ahhoz, hogy egyet EPA-vá alakítson. Továbbá ez a fajta átalakítás, különösen idős embereknél nem túl hatékony.

Az LNA leginkább növényi eredetű táplálékokban található, melyek közül a legfontosabb a lenmag, a lenmagolaj, a repceolaj és a dió. A növényi eredetű ételek nem tartalmaznak EPA-t vagy DHA-t, amelyek a halolajokban találhatóak.

A legfontosabb kivétel a friss (nem szárított) alga, amely a szigeteken vagy tengerpartokon élő népek étrendjének nagy részét képezi.

A halak és a kagylók ezzel szemben kevés LNA-t tartalmaznak általában, viszont sok bennük az EPA és a DHA. A halakban több található ezekből, mint a kagylókban, mivel a halak szöveteiben több a zsír. A halakból kivont olaj tehát az EPA és DHA gazdag forrása.

Fontos megjegyezni, hogy a növényi eredetű omega-3 zsírsavat sokkal nehezebben hasznosítja az emberi szervezet, csakúgy, mint a növényekben található vasat. Továbbá az omega-3 (LNA) tartalmú növényi olajokban az omega-6 zsírsavak is megtalálhatóak, és ezeknek az aránya többszöröse az omega-3 zsírsavnak (a lenmagolaj kivételével, melyben több az LNA omega-3, mint az omega-6).

A halolajokban nincs omega-6, tehát a helyes omega-3 – omega-6 arány visszaállításához érdemesebb halolajat fogyasztani.